小程序商城就是由众多商家入驻商城，而商城也是个人商城，每个商家都有一个商城后台，以方便发布各种产品。微商城也称为微信商城。是基于微信的传播速度及其简单性。为商家提供一个平台，在这个更简便的、快捷的平台里进行更为现代的电子商务。那么，两者之间具体有些什么区别？
一、操作方式不同
微商城是基于微信公众号开发的。用户需要关注服务号，然后点击自定义菜单进入相应的页面。如果是用订阅号开发的，功能多，操作步骤至少要四步。整体看层级较多、显得麻烦。
小程序商城是基于微信开发的。没有层级结构。用户可以直接扫码或单击就可打开。可以说其功能强大且易于操作，更有利于商家推广和留存客户。
二，不同的运营方式
微商城是基于公众号粉丝来运营，平常的原创文章或营销活动，是为了吸引用户关注，利用营销手段来引导他们在商城里消费。
小程序商城就非常简单，可直接对应顾客的使用消费场景，快速直接的促使消费者消费，省去了中间所有的环节，更不需要商家绞尽脑汁的吸粉丝，要关注。
三、用户体验不同
微商城开发是借助HTML5技术，就稳定性和流畅性而言，绝对无法与原始态APP相比。
小程序商城虽没有借助HTML5技术，但其开发后效果近乎原生态APP，用户体验非常好。小程序无需安装、注册等步骤，开发时就不用考虑针对不同应用系统而单独开发，也不必担心手机型号不同的兼容性问题。使用是小程序则加载更快，体验更流畅。
四、入口不一样
微商城的入口是：公众号菜单，朋友圈和微信群。
小程序商城的入口是：附近的小程序，统一的小程序入口，搜一搜，公共号图文推送，公共号菜单，朋友圈，微信群，长按二维码识别，会员卡直接打开小程序。
五、用途不相同
微信公众号的本质是内容创作和服务的平台，但是没想到会被自媒体占领，更是会被商家过度营销。微信是希望通过更好的扶持内容创作者，让微信公众号在自媒体领域中进一步发展。而自媒体人需要通过内容获得流量，让流量变现。以前是通过公众号商城实现，现在就需要让小程序承担这部分职责，而公众号回归本质，两者各司其职。
